• Giải thưởng Hồ Chí Minh (truy tặng năm 1996 cho các công trình nghiên cứu khoa học về phòng chống bệnh mắt hột và các bệnh mù lòa).
• Tượng đài Giáo sư Nguyễn Xuân Nguyên được đúc bằng đồng và đặt trong Khuôn viên của Bệnh viện Mắt Trung ương, số 85 Bà Triệu, Quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội.

Tháng 12/2013: TP Hà Nội vinh danh Giáo sư Nguyễn Xuân Nguyên băng việc đặt tên Phố Nguyễn Xuân Nguyên (huyện Từ Liêm): Cho đoạn từ phố Cao Xuân Huy (cạnh trường Tiểu học dân lập Lê Quý Đôn) đến phố Hoài Thanh (trường Việt Mỹ). Dài: 800m; rộng: 15m-17m.[4]